La causa se inició en 2020 por una denuncia de abuso sexual en Santa Isabel. La investigación estuvo a cargo de la IV Circunscripción Judicial del Ministerio Público Fiscal. En su etapa inicial la causa estuvo a cargo de la fiscal Alejandra Moyano y luego la continuaron los fiscales Juan Cupayolo y Enzo Rangone, quien estuvo hasta la finalización del juicio.

Desde esta fecha, la Policía de La Pampa comenzó la búsqueda para dar con el condenado. Además, el Ministerio de Seguridad de Nación ofreció 3 millones de pesos de recompensa, en una búsqueda nacional e internacional.

Desde el primer día que se prófugo el Ministerio Público Fiscal comenzó una investigación en la que participó la División Análisis en Telecomunicaciones (D.A.T.), la Policía de La Pampa y el Ministerio de Seguridad provincial.
Enzo Rangone destacó que se trabajó en varios puntos del país. “En estos dos años de prófugo se desarrollaron investigaciones en Mendoza, Río Turbio Santa Cruz, provincia de Buenos Aires y se exploró una línea en Santa Fe”, dijo.

El comisario Esteban Martín Giménez, jefe Brigada Investigaciones UR-II, sostuvo que desde hace dos meses comenzaron a trabajar con un dato que ubicaba al prófugo oesteño en la Triple Frontera, más precisamente en Paraguay.

“A raíz de averiguaciones que se hicieron en la localidad pampeana de Santa Isabel y en otros puntos de la provincia y del país desde hace dos meses se comenzó a trabajar con personal de Investigaciones de la ciudad de Presidente Franco, en Paraguay, al límite con la Triple Frontera”, sostuvo el comisario Esteban Martín Giménez.
Luego de dos años prófugo, Fernández fue localizado en una panadería de Presidente Franco, una ciudad paraguaya de unos 100 mil habitantes. “Trabajaba de tarde. Cocinaba churrascos griegos en una panadería. Y este miércoles, a las 17 horas, se procedió a la detención de Mario Rafael Fernández, quien no ofreció resistencia al momento de ser abordado por personal policial”, finalizó Giménez.